La brillante fuerza del ingenio de Donne, sus extrañas paradojas y símiles se manifiestan claramente en sus sonetos sagrados. Aquí trata principalmente de sus dudas sobre su propia valía como cristiano, y de sus temores a la muerte y al juicio. Estos sonetos suelen adoptar la forma de un monólogo dramático, dirigido a Dios.
El soneto «En los rincones imaginados de la Tierra Redonda» se abre con una contemplación elevada e imaginativa del Día del Juicio, cuando, al son de las trompetas angélicas, se reunirán las almas de todos los cuerpos y todos los muertos. Sin embargo, Donne pronto se hunde en la humilde contemplación de sus pecados, por lo que implora que se le conceda la gracia de arrepentirse antes de que sea demasiado tarde. El poema no sólo contiene el temor al Juicio Final, sino también la comprensión del propósito de la vida como lucha y preparación espiritual.
En el soneto «Batter my heart, three-person’d God», Donne suplica a Dios que tome posesión de su corazón en una serie de brillantes paradojas. El poeta sólo puede mantenerse en pie si es derrocado; sólo puede ser libre si Dios lo encarcela; y sólo puede ser casto si Dios lo arrebata. Como el herrero golpea el metal para darle forma, así se imagina a Dios golpeando con suave admonición el corazón humano. Como el fuelle sopla sobre el fuego, así se sopla el espíritu de Dios en el hombre. Dios ilumina como brilla el herrero y Dios trata de reparar la naturaleza caída del hombre como el herrero repara una vasija rota. Pero no basta con remendar, porque sólo una reconstrucción radical de su ser le hará digno de su amo.
A continuación, el poeta describe su aislamiento de Dios en un nuevo grupo de imágenes. Es un pueblo usurpado, que espera admitir a Dios, pero es impotente para hacerlo debido a su desposorio con el usurpador, Satanás. El virrey de Dios en la ciudad, la razón, es impotente para ayudar porque la propia razón está cautiva. Donne expone dos ideas diferentes del cautiverio. El cautiverio por el demonio es el verdadero cautiverio, la esclavitud por las pasiones. El cautiverio por (es decir, la sumisión a) Dios, en cambio, es la verdadera libertad, en el sentido de que el espíritu no se ve impedido por el pecado. El poeta reconoce que la única forma en que puede ser libre y casto es en la posesión total de sí mismo por Dios.
La angustia de Donne ante su pecaminosidad, sus sentimientos de indignidad ante la gracia de Dios, su oración penitencial y suplicante, y su alma ansiosa que espera dubitativamente la gracia y la salvación, todo ello resume la actitud de Donne como poeta religioso.